Återrapportering via Visma .Net Autopay kan ske på två sätt:
Fakturorna återrapporteras automatiskt som betalda via betalningstjänsten. Dvs inga manuella operationer behövs göras av användarna, utan alla fakturor som blivit betalda av banken blir återrapporterade i Visma Control helt automatiskt.
Det enda som måste hanteras manuellt är sk avvikelser, dvs om någon faktura av någon anledning inte blivit betald.
Dessa poster hanteras då via Försäljning-Registrera betalningar-Inbetalning via Autopay genom att man anger affärsenhet och sen klickar på Ladda.
Vid manuell återrapportering, gör man egentligen på samma sätt som återrapportering utan fil, men med den skillnaden att detta görs i bakgrunden Inköp-Registrera betalningar-Via Autopay.
Ange affärsenhet i fältet Affärsenhet.
Klicka på Ladda.
De poster som eventuellt inte blivit matchade kan man få mera information om genom att klicka på Öppna-ikonen, 
, längst ut till höger på raden.
När rätt löpnummer hittas anges detta i fältet Löpnummer.
Fakturan läses in och matchas.
Klicka på Spara när alla fakturor är matchade.